iOS9.3には2つの大きな不具合があります。ご注意！

最新のiOS9.3には２つの大きな不具合が存在します。
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• 夜の睡眠を妨げるブルーライトをカットするナイトシフト機能
• メモアプリのリストの表示方法変更やパスワードロックをかける
• iMessageで送信した写真や動画が盗み見られる脆弱性の対処
• 1970年1月1日を時計にセットするとハングアップする件の対処

の修正がなされていますが、これよりも大きな２つの不具合があります。

1. SafariやChrome, Mail, Messages, Notes等のアプリに含まれるリンクをクリックするとアプリがクラッシュする件
2. 古いiPhoneやiPadでアップデート時にアクティブ化できなくなる件

リンクの問題

iPhoneには種々多々のリンクがありますが、このリンクをタップした時にアプリが突然クラッシュして停止してしまうようです。これらのリンクには、safariはもちろんの事、MailやMessage、Noteのアプリに含まれ、確かな検証がされたわけでありませんが、どのリンクにも同様の問題が含まれるらしいです。
このリンクの解説記事は以下を参照してください。

iOS 9.3でリンクをクリックするとアプリがクラッシュする…Universal Linksのバグが原因 | TechCrunch Japan

ベータを7回もやったのに…多くのiOSユーザーがAppleのサポートフォーラムで報告しているように、まだバグがある。SafariやChrome, Mail, Messages, Notesなどの上のリンクをクリックすると、そのアプリがフリーズしてクラッシュするのだ。あなたもその一人なら、以下の対策をお読みいただきた..

jp.techcrunch.com

古いiPhoneやiPadでアップデート時にアクティブ化できなくなる

これはiOS9.3の不具合で一番大きく取り上げられているので、ご存じの方もいると思います。これはiOS9.3のアップデートする際に、Apple IDのパスワードを入力してからアクティベートされますが、正しいパスワードを入れられないとアクティベート作業が止まってしまうという問題です。それ以降どうしようもない状態に陥ってしまいます。いわゆるiPhoneやiPadが文鎮化してしまいます。
問題が発生する古い機種は、iPhone5S以前,iPad Air以前、iPad mini2以前、iPod Touch5の機種となります。
こちらの問題は、以下の記事を参照してください。

最新のiOS 9.3でiPadが文鎮化、使用不能状態に

最新のiOSを旧型のiPadにインストールしたことで、操作不能状態(いわゆる「文鎮」)に陥ったという報告が多数、Apple Support Communitiesで報告されています。

gigazine.net

アップルはこの２つの不具合のために、只今iOS9.3のリリースを停止しています。再開までしばらくお待ちください。